Your comments

* FIrework не закреплена, запускается как ярлык: C:\Users\user\AppData\Roaming\Firework\FireworkStarter.exe --user-data-dir="C:\Users\user\AppData\Local\Firework\User Data" --profile-directory=Default --app-id=Firework

Может просто сделать опцию коммандной строки --no-web-icons ... (Я вообще не знаю что за иконки рабочего стола, а не панели задач.)

Firework последняя v.2.27.7

Windows да, я давно не обновлял, Windows 10 Версия 1703 (Сборка 15063.1088)

Панель задач - стоит "не группировать"

Стоит 7+ Taskbar Tweaker, но там вряд ли конфликт.

Вот, например, открываю Яндекс.Музыку через Firework, и после закрытия её - сразу окно cmd (это кроме описанного ранее). Потом какое-то время могу открывать+закрывать без этого окна.

Это окно появляется раз в 10-30 минут где-то. Очень "приятно" во время игры, например. 

Почему не использовать (google: Dllcall for ShellExecuteEx / ShellExecuteExA ) или может даже (вряд ли) autohotkey компилированный скрипт с командой Run...